ไอโซบิวทิล ไอโซไทโอไซยาเนตใช้เป็นสารสำคัญในอุตสาหกรรมอาหารและเครื่องดื่มเพื่อเพิ่มรสชาติและกลิ่นเฉพาะตัว มักพบในผลิตภัณฑ์ที่ต้องการกลิ่นฉุนและรสชาติที่คมชัด นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมน้ำหอมและเครื่องสำอางเพื่อเป็นส่วนประกอบของกลิ่นที่มีเอกลักษณ์ ในด้านการเกษตร สารนี้ถูกนำมาใช้เป็นสารไล่แมลงหรือสารป้องกันศัตรูพืช เนื่องจากมีคุณสมบัติในการขับไล่แมลงบางชนิดได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำไปใช้ในทางการแพทย์และเภสัชกรรมเพื่อประโยชน์ทางสุขภาพอีกด้วย