เอนโดนิวคลีเอส NruI ถูกนำมาใช้ในการตัด DNA ที่ลำดับเฉพาะ โดยมักใช้ในงานวิจัยทางชีววิทยาโมเลกุล เช่น การวิเคราะห์โครงสร้างของ DNA การโคลนยีน และการสร้างแผนที่ของ DNA นอกจากนี้ยังมีบทบาทสำคัญในการศึกษาพันธุกรรมและการวิเคราะห์การกลายพันธุ์ โดยช่วยให้นักวิจัยสามารถตัดและแยกส่วนของ DNA ที่ต้องการได้อย่างแม่นยำ ซึ่งเป็นขั้นตอนสำคัญในการทำความเข้าใจกลไกทางพันธุกรรมและการพัฒนาวิธีการรักษาใหม่ๆ