ฟีนโนซาฟรานีนใช้เป็นสีย้อมในทางจุลชีววิทยาเพื่อย้อมสีเซลล์และเนื้อเยื่อ ช่วยในการศึกษาโครงสร้างของเซลล์และกระบวนการทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมสิ่งทอเพื่อย้อมสีผ้าและเส้นใย ให้สีที่สดใสและทนทาน ในทางเคมีวิเคราะห์ ฟีนโนซาฟรานีนใช้เป็นตัวบ่งชี้ในการไทเทรต redox เนื่องจากสามารถเปลี่ยนสีได้อย่างชัดเจนเมื่อเกิดปฏิกิริยาเคมี นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในงานวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษาปฏิกิริยาเคมีและกระบวนการทางไฟฟ้าเคมีอีกด้วย