ซูดานแบล็กบีถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในทางชีววิทยาและพยาธิวิทยาเพื่อย้อมสีไขมันและไลโปโปรตีนในเนื้อเยื่อ ทำให้สามารถศึกษาและวิเคราะห์การกระจายตัวของไขมันในเซลล์และเนื้อเยื่อได้อย่างชัดเจน นอกจากนี้ยังใช้ในการย้อมสีแบคทีเรียบางชนิดเพื่อช่วยในการจำแนกและระบุสายพันธุ์ โดยเฉพาะแบคทีเรียแกรมบวก ซึ่งช่วยในการวิจัยและการวินิจฉัยโรคทางจุลชีววิทยา นอกจากนี้ยังมีการใช้ในอุตสาหกรรมเพื่อย้อมสีพลาสติกและวัสดุอื่น ๆ ที่มีความเกี่ยวข้องกับไขมันหรือสารไลโปฟิลิก