2,6-Octadiyne นิยมใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยา cycloaddition และปฏิกิริยาที่เกี่ยวข้องกับการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอน เนื่องจากโครงสร้างที่มีพันธะสามคู่ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาทางเคมีเชิงคำนวณเพื่อทำความเข้าใจกลไกของปฏิกิริยาต่างๆ ในบางกรณียังถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารประกอบเชิงฟังก์ชันที่มีความซับซ้อนมากขึ้น