5-Methoxypyrimidine-4-carbonitrile เป็นสารเคมีที่ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีความสำคัญในอุตสาหกรรมยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนมากขึ้น นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพและลดผลข้างเคียงของยา นอกจากนี้ยังอาจพบการใช้งานในอุตสาหกรรมเกษตรเพื่อพัฒนาสารกำจัดศัตรูพืชหรือสารเร่งการเจริญเติบโตของพืชอีกด้วย