2-(Trifluoroacetamido)ethylamine dihydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีหลายชนิด โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างโมเลกุลที่มีกลุ่มฟังก์ชันไตรฟลูออโรอะซิเตท ซึ่งมักพบในการวิจัยและพัฒนายา นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยทางชีวเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกทางเคมีของสารประกอบที่มีกลุ่มฟลูออรีน ซึ่งมีความสำคัญในการออกแบบยาและสารเคมีที่มีประสิทธิภาพสูง