(4-Chloro-3-(trifluoromethyl)phenyl)hydrazine hydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความสำคัญทางเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่มีฤทธิ์ต้านมะเร็งหรือยาต้านการอักเสบ นอกจากนี้ยังอาจนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ ที่เกี่ยวข้องกับโรคทางระบบประสาทหรือโรคเรื้อรังอื่น ๆ เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่มีส่วนประกอบของไตรฟลูออโรเมทิลและคลอโร ซึ่งสามารถเพิ่มประสิทธิภาพและความเฉพาะเจาะจงของสารออกฤทธิ์ได้