2-Methoxypyridine-4-sulfonyl chloride ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเคมีอินทรีย์ มักใช้ในการสร้างโมเลกุลที่มีโครงสร้างซับซ้อน เช่น ยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เนื่องจากกลุ่มซัลโฟนิลคลอไรด์สามารถทำปฏิกิริยาที่หลากหลายได้ดี เช่น ปฏิกิริยากับเอมีนเพื่อสร้างซัลโฟนาไมด์ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยและพัฒนายาเพื่อปรับปรุงประสิทธิภาพและความเฉพาะเจาะจงของสารออกฤทธิ์