ใช้ในงานสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการสร้างสารประกอบที่มีโครงสร้างไอโซทิโอไซยาเนตสำหรับการวิจัยทางเภสัชกรรม มักนำไปใช้เป็นตัวทำปฏิกิริยาในการสร้างสารตั้งต้นสำหรับยารักษาโรค หรือเป็นสารกลางในกระบวนการผลิตสารชีวภาพที่มีฤทธิ์เฉพาะเจาะจง เช่น สารต้านจุลชีพหรือสารต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีเพื่อติดฉลากโปรตีนหรือศึกษาปฏิสัมพันธ์ของโมเลกุล เนื่องจากหมู่ไอโซทิโอไซยาเนตสามารถจับกับหมู่แอมีนในโปรตีนได้อย่างมีประสิทธิภาพ