ใช้เป็นตัวป้องกันหมู่ไฮดรอกซี (protecting group) ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน เช่น ยา หรือสารชีวโมเลกุล เนื่องจากหมู่ tert-Butyldimethylsilyl (TBS) มีความเสถียรต่อสภาวะเบสและบางสภาวะของตัวทำละลาย ทำให้สามารถควบคุมการเกิดปฏิกิริยาเฉพาะตำแหน่งได้ดี หลังจากนั้นสามารถถอดหมู่ป้องกันออกได้ภายใต้สภาวะที่อ่อนโยน เช่น การใช้ฟลูออไรด์ไอออน ซึ่งช่วยให้กระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอนเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพและเลือกเกิดปฏิกิริยาได้เฉพาะจุด