(S)-โปรพาเฟนอน ใช้เป็นยาต้านหัวใจเต้นผิดจังหวะ โดยออกฤทธิ์ยับยั้งช่องไอออนโซเดียมในเซลล์กล้ามเนื้อหัวใจ ทำให้การนำสัญญาณไฟฟ้าในหัวใจช้าลง จึงช่วยควบคุมจังหวะการเต้นของหัวใจให้เป็นปกติ โดยเฉพาะในผู้ป่วยที่มีภาวะหัวใจเต้นเร็วผิดจังหวะชนิดเหนือห้องล่าง เช่น atrial fibrillation หรือ atrial flutter ยาชนิดนี้มีฤทธิ์เฉพาะตัวในรูปแบบของสารสเตริโอไอเมอร์ (S-enantiomer) ซึ่งมีประสิทธิภาพในการยับยั้งช่องโซเดียมสูงกว่ารูปแบบ (R) ทำให้ใช้ในขนาดต่ำแต่ยังคงได้ผลการรักษาที่ดี