ใช้เป็นสารเคมีกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านการอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งได้ง่าย ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างกรอบอะโรมาติกที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์และ steric เฉพาะ ใช้บ่อยในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้งและการแทนที่นิวคลีโอฟิลิกเพื่อนำหมู่ aromatic ที่มีฟลูออรีนเข้าไปในสารประกอบเป้าหมาย นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับออกแบบส่วนผสมออกฤทธิ์ใหม่ เนื่องจากอะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึม หมู่ฟลูออรีนและเมทอกซีช่วยปรับปรุงคุณสมบัติด้านการละลายและการซึมผ่านของเซลล์