ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยเภสัชกรรม เป็นโครงสร้างพื้นฐานในการพัฒนายับยั้ง kinase และยารักษาโรคอื่นๆ ที่มุ่งเป้าไปที่มะเร็งและโรคอักเสบ หมู่ไอโอดีนช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยา cross-coupling เช่น Suzuki หรือ Heck reactions ซึ่งช่วยให้สามารถปรับหลากหลายโครงสร้างได้อย่างรวดเร็วในโปรแกรมค้นพบยา โครงสร้างแกน indazole มีคุณค่าตรงที่เลียนแบบโครงสร้าง purine เพิ่มความสามารถในการจับกับบริเวณ active site ของเอนไซม์ ใช้อย่างแพร่หลายในการพัฒนายับยั้งแบบเลือกสรรสำหรับโปรตีน เช่น B-Raf, JAK หรือ CDK สนับสนุนการสร้างยารักษาที่มีศักยภาพในด้านมะเร็งวิทยาและโรคภูมิต้านตนเอง นอกจากนี้ยังใช้ในงานศึกษาการติดฉลากด้วยรังสีและการพัฒนาโปรบสำหรับการทดสอบทางชีวเคมีเนื่องจากหมู่ไอโอดีน