2-Amino-5-chlorothiazole hydrochloride ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีหลายชนิด โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม มันถูกนำมาใช้ในการผลิตยาต้านจุลชีพและยาต้านเชื้อรา รวมถึงเป็นส่วนประกอบสำคัญในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพอื่น ๆ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในงานวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนายาใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้น