ใช้เป็นตัวทำละลายหรือตัวกลางในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในปฏิกิริยาที่ต้องการการป้องกันหมู่ฟีนอล (phenol protecting group) เนื่องจากหมู่เมท็อกซีฟีนิลสามารถช่วยป้องกันไม่ให้หมู่ -OH ทำปฏิกิริยาในขั้นตอนต่าง ๆ ได้ หลังจากนั้นสามารถถอดหมู่ป้องกันออกได้ง่ายภายใต้สภาวะที่ควบคุม เช่น การใช้กรดหรือเบสอ่อน ๆ ทำให้มีความนิยมในงานสังเคราะห์ยาหรือสารชีวโมเลกุลที่ต้องการความเฉพาะเจาะจงสูง นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างเอสเทอร์ซัลโฟเนตที่เป็นตัวทำให้เกิดปฏิกิริยาแทนที่นิวคลีโอไฟล์ (nucleophilic substitution) ได้อย่างมีประสิทธิภาพ