2,6-Difluoronitrobenzene ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเคมีเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอื่นๆ โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาและสารเคมีทางการเกษตร เนื่องจากโครงสร้างของมันมีทั้งกลุ่มไนโตรและฟลูออรีนที่สามารถทำปฏิกิริยาได้ดี ตัวอย่างเช่น มันถูกใช้ในการสร้างสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่สำคัญ เช่น ยาต้านเชื้อแบคทีเรียหรือยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังสามารถใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีที่ใช้ในกระบวนการผลิตโพลีเมอร์หรือวัสดุพิเศษที่มีคุณสมบัติเฉพาะตัว