ใช้เป็นตัวป้องกันหมู่ไฮดรอกซี (protecting group) ในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างสารชีวโมเลกุล เช่น คาร์โบไฮเดรต และสารประกอบที่มีหมู่ -OH หลายตำแหน่ง เนื่องจากหมู่ t-butyldimethylsiloxy (TBS) มีความเสถียรต่อสภาพเบสและน้ำบางชนิด แต่สามารถกำจัดออกได้อย่างเลือกได้ภายใต้สภาวะกรดอ่อนหรือสารทำปฏิกิริยาฟลูออรีน เช่น TBAF ทำให้เหมาะสำหรับการสังเคราะห์แบบขั้นตอนหลายขั้นตอนที่ต้องการควบคุมการตอบสนองเฉพาะตำแหน่ง