ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งคินาสและยาต้านไวรัส โครงสร้างของมันช่วยในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในเคมียารักษาโรค ใช้บ่อยในการเตรียมตัวปรับตัวรับแบบเลือกสรร เนื่องจากกลุ่มไตรฟลูออโรเมทิลที่ดูดอิเล็กตรอนและหน้าที่อะมิโนที่ทำปฏิกิริยาได้ นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงและวัชพืชใหม่ๆ โดยซึ่งแกนไพรีดีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความจำเพาะต่อเป้าหมาย