สกาโทลถูกใช้ในอุตสาหกรรมน้ำหอมเป็นหลัก โดยทำหน้าที่เป็นสารเติมแต่งกลิ่นที่ช่วยเพิ่มความลึกและความซับซ้อนให้กับกลิ่นน้ำหอม โดยเฉพาะน้ำหอมที่มีกลิ่นดอกไม้ แม้ในความเข้มข้นต่ำมาก สกาโทลสามารถให้กลิ่นที่น่าดึงดูดและมีมิติ แต่ในความเข้มข้นสูงจะมีกลิ่นเหม็นรุนแรงคล้ายอุจจาระ ซึ่งเป็นลักษณะเฉพาะของสารนี้ นอกจากนี้ สกาโทลยังถูกใช้ในการวิจัยทางชีววิทยาและเภสัชกรรม เนื่องจากมีบทบาทในกระบวนการสื่อสารระหว่างเซลล์ และมีการศึกษาเกี่ยวกับผลกระทบต่อระบบทางเดินอาหารและระบบภูมิคุ้มกันของร่างกาย รวมถึงการเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอื่น ๆ ที่มีศักยภาพทางการแพทย์