ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์อย่างมีประสิทธิภาพ โดยเฉพาะในระบบสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง (solid-phase peptide synthesis) นิยมนำมาใช้เพื่อสร้างเปปไทด์ที่มีโครงสร้างเฉพาะตัว เนื่องจากหมู่ Fmoc ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันหมู่อะมิโน ซึ่งสามารถถอดออกได้ง่ายภายใต้สภาวะเบสอ่อน ทำให้ควบคุมขั้นตอนการสังเคราะห์ได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ หมู่โพรพายน์ที่ตำแหน่งข้างของกรดอะมิโนช่วยให้สามารถทำปฏิกิริยาคลิกเคมี (click chemistry) ได้ ซึ่งเหมาะสำหรับการติดป้ายหรือเชื่อมต่อกับโมเลกุลอื่น เช่น ฟลูออเรสเซนต์แท็ก หรือสารประกอบชีวภาพ จึงนิยมใช้ในงานวิจัยด้านชีววิทยาโมเลกุล ยาต้านมะเร็ง และการพัฒนายาแบบเจาะจงเป้าหมาย