3-BODIPY-propanoylaminocaproic Acid N-hydroxysuccinimide ester ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในด้านชีววิทยาโมเลกุลและเคมีวิเคราะห์ โดยเฉพาะในกระบวนการติดฉลากโมเลกุลชีวภาพ เช่น โปรตีน, เปปไทด์, และกรดนิวคลีอิก เนื่องจากคุณสมบัติเรืองแสงที่แข็งแกร่งและความเสถียรสูงของ BODIPY fluorophore ทำให้สารนี้เป็นเครื่องมือที่มีประสิทธิภาพในการติดตามและศึกษากระบวนการทางชีวภาพในระดับโมเลกุล นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในเทคนิคการสร้างภาพ (imaging) และการวิเคราะห์เซลล์ด้วยกล้องจุลทรรศน์เรืองแสง (fluorescence microscopy) เพื่อศึกษาการกระจายตัวและการเคลื่อนที่ของโมเลกุลเป้าหมายภายในเซลล์ รวมถึงการประยุกต์ใช้ในด้านการวิจัยทางเภสัชวิทยาเพื่อติดตามการดูดซึมและกระจายตัวของยาในระบบชีวภาพ