ไพเพอราซิลลินถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในวงการแพทย์ในฐานะยาปฏิชีวนะเพื่อรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียหลายชนิด มีประสิทธิภาพโดยเฉพาะต่อการติดเชื้อที่เกิดจากเชื้อแบคทีเรียแกรมบวกและแกรมลบที่ไวต่อยา การนำไปใช้ทั่วไป ได้แก่ การรักษาการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจ การติดเชื้อในทางเดินปัสสาวะ การติดเชื้อในช่องท้อง การติดเชื้อที่ผิวหนังและเนื้อเยื่ออ่อน และภาวะติดเชื้อในกระแสเลือด (เซปติซีเมีย) มักใช้ร่วมกับตัวยับยั้งเบต้า-แลคตาเมส เช่น ทาโซแบคแทม เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพต่อแบคทีเรียที่ผลิตเบต้า-แลคตาเมส ไพเพอราซิลลินยังถูกใช้ในสถานพยาบาลสำหรับจัดการการติดเชื้อในผู้ป่วยที่มีภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่อง เช่น ผู้ป่วยที่กำลังได้รับเคมีบำบัดหรือการปลูกถ่ายอวัยวะ กิจกรรมสเปกตรัมกว้างของยาทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการต่อสู้กับการติดเชื้อรุนแรงและคุกคามชีวิต