Chlorin e6 ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการบำบัดด้วยแสงไดนามิก (Photodynamic Therapy: PDT) สำหรับรักษาโรคมะเร็งหลายประเภท รวมถึงมะเร็งผิวหนัง ปอด และหลอดอาหาร โดยทำหน้าที่เป็นสารไวแสง (photosensitizer) ซึ่งเมื่อได้รับแสงในความยาวคลื่นเฉพาะ จะผลิตอนุมูลอิสระของออกซิเจน (reactive oxygen species) ที่ทำลายเซลล์มะเร็ง ความสามารถในการเลือกเป้าหมายเซลล์มะเร็งโดยไม่ทำลายเนื้อเยื่อปกติทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการรักษามะเร็ง

ในด้านผิวหนังวิทยา Chlorin e6 ถูกนำมาใช้ในการรักษาสิวและภาวะผิวหนังอื่นๆ เนื่องจากคุณสมบัติต้านจุลินทรีย์และต้านการอักเสบเมื่อถูกกระตุ้นด้วยแสง ซึ่งช่วยลดปริมาณแบคทีเรียและการอักเสบ ส่งเสริมให้ผิวสะอาดขึ้น

นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในงานต้านจุลินทรีย์ โดยเฉพาะการฆ่าเชื้อพื้นผิวและรักษาการติดเชื้อ เมื่อถูกกระตุ้นด้วยแสง จะผลิตอนุมูลอิสระของออกซิเจนที่กำจัดแบคทีเรีย ไวรัส และเชื้อราได้อย่างมีประสิทธิภาพ

Chlorin e6 ยังถูกสำรวจใช้ในภาพถ่ายวินิจฉัย โดยคุณสมบัติเรืองแสงช่วยในการมองเห็นเนื้องอกและความผิดปกติอื่นๆ ระหว่างขั้นตอนทางการแพทย์ ซึ่งช่วยเพิ่มความแม่นยำในการวินิจฉัยและวางแผนการรักษา