ใช้กรดอันเดคาโนอิกในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นส่วนผสมในการผลิตยาต้านเชื้อรา โดยเฉพาะยาที่ใช้รักษาโรคผิวหนังที่เกิดจากเชื้อรา เช่น กลาก หรือเชื้อราที่เล็บ นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอื่นๆ ที่มีฤทธิ์ต้านจุลินทรีย์

ในอุตสาหกรรมเครื่องสำอาง มักใช้ในผลิตภัณฑ์บำรุงผิวหน้าและผิวกายที่ออกแบบมาเพื่อควบคุมความมันและป้องกันสิว เนื่องจากมีคุณสมบัติช่วยลดการผลิตน้ำมันจากต่อมไขมัน และมีฤทธิ์ยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียที่ก่อให้เกิดสิว

ยังมีการนำไปใช้ในอุตสาหกรรมพลาสติกและเรซินเป็นสารช่วยปรับปรุงความทนทานต่อความร้อนและความยืดหยุ่นของวัสดุ โดยเฉพาะในผลิตภัณฑ์ไนลอนชนิดพิเศษ เช่น ไนลอน-11 ที่ใช้ในอุตสาหกรรมยานยนต์และอิเล็กทรอนิกส์