เมทิลโนนาโนเอตถูกนำไปใช้ในหลายอุตสาหกรรม โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมน้ำหอมและเครื่องสำอาง เนื่องจากมีกลิ่นหอมที่คล้ายกับผลไม้และดอกไม้ จึงมักใช้เป็นส่วนประกอบในน้ำหอม โลชั่น และผลิตภัณฑ์บำรุงผิว นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารเติมแต่งในอาหารเพื่อเพิ่มรสชาติและกลิ่น โดยเฉพาะในผลิตภัณฑ์ขนมและเครื่องดื่ม ในด้านเกษตรกรรม เมทิลโนนาโนเอตถูกใช้เป็นสารดึงดูดแมลงในการควบคุมศัตรูพืช และยังมีบทบาทในกระบวนการผลิตสารเคมีอื่นๆ ที่ใช้ในอุตสาหกรรมต่างๆ