1,3-Dichloro-5-methylisoquinoline ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาและสารเคมีทางการเกษตรต่างๆ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถนำเข้าฟังก์ชันกรุ๊ปเพิ่มเติม ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาโมเลกุลที่ซับซ้อน ใช้ในการวิจัยเพื่อศึกษาวิทยาศาสตร์เคมีเฮเทอโรไซคลิกและออกแบบสารประกอบใหม่ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่อาจเป็นไปได้ นอกจากนี้ ยังพบการใช้ในการสังเคราะห์สีย้อมและเม็ดสีเนื่องจากคุณสมบัติอะโรมาติก