(2,4,6-Trichloropyrimidin-5-yl)methanol เป็นสารตั้งต้นที่ใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี โครงสร้างของมันช่วยให้ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ในยาและสารกำจัดศัตรูพืช

ในเภสัชกรรม มักใช้ในการสร้างโมเลกุลที่กำหนดเป้าหมายไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะ เช่น ตัวยับยั้งเอนไซม์หรือตัวปรับตัวรับ

ในเกษตรเคมี ช่วยในการกำหนดสูตรยาฆ่าหญ้าและยาฆ่าเชื้อรา โดย reactivity ของมันช่วยในการออกแบบสารที่ควบคุมศัตรูพืชหรือโรคพืชได้อย่างมีประสิทธิภาพ

นอกจากนี้ อาจใช้ในงานวิจัยสำหรับพัฒนาวัสดุใหม่หรือเป็น reagent ใน organic synthesis

อย่างไรก็ตาม การใช้สารนี้ต้องระมัดระวังเนื่องจากอาจมีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมและสุขภาพหากไม่มีการจัดการที่เหมาะสม