(2-Chloro-1H-benzo[d]imidazol-6-yl)methanol ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์และการวิจัยเภสัชกรรม เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนาสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ โครงสร้างที่มีเบนโซอิมิดาโซลแทนที่ด้วยคลอโร ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลที่มีศักยภาพในการรักษา เช่น ยาต้านมะเร็ง ต้านไวรัส หรือต้านจุลินทรีย์ นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทอโรไซคลิกซับซ้อน ซึ่งมักสำรวจคุณสมบัติทางเภสัชวิทยา นักวิจัยยังใช้สารเคมีนี้ในการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-ฤทธิ์ เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรรของยา