ฮาโลฟูจิโนน ไฮโดรโบรไมด์เป็นสารเคมีที่ใช้ในการรักษาและป้องกันโรคในสัตว์ โดยเฉพาะในสัตว์เลี้ยงและสัตว์เศรษฐกิจ หนึ่งในการใช้งานหลักคือการรักษาโรคโคคซิโอซิสในสัตว์ปีก ซึ่งเกิดจากปรสิตในลำไส้ นอกจากนี้ยังใช้ในการควบคุมการแพร่กระจายของปรสิตในสัตว์เคี้ยวเอื้อง เช่น แกะและวัว เพื่อลดความเสียหายต่อระบบทางเดินอาหารและเพิ่มประสิทธิภาพการเจริญเติบโตของสัตว์ บางการศึกษายังระบุว่าสารนี้มีศักยภาพในการยับยั้งกระบวนการสร้างเส้นใย (fibrosis) ในเนื้อเยื่อต่างๆ ทำให้เป็นที่สนใจในการวิจัยทางการแพทย์มนุษย์สำหรับภาวะเช่น scleroderma และ fibrosis ที่เกี่ยวข้องกับมะเร็ง ความสามารถในการปรับการตอบสนองของระบบภูมิคุ้มกันและการสังเคราะห์คอลลาเจนยังนำไปสู่การศึกษาการรักษาโรคภูมิต้านตนเองและการส่งเสริมการสมานแผล แต่ยังอยู่ในขั้นตอนการวิจัยและพัฒนา