ใช้หลัก ๆ ในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะบล็อกสร้างกรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน สารประกอบนี้ช่วยให้สามารถนำหมู่ข้างที่ trifluoromethyl เข้าสู่โครงสร้างเปปไทด์ได้ กลุ่ม Fmoc ให้การป้องกันแบบ orthogonal สำหรับหมู่อะมีน อนุญาตให้ประกอบเปปไทด์แบบขั้นตอนโดยใช้เทคนิคการสังเคราะห์เฟสแข็ง ความเสถียรภายใต้สภาวะกรดและการตัดออกภายใต้สภาวะเบสอ่อน (เช่น พิเพอริดีน) ทำให้เข้ากันได้กับโปรโตคอล Fmoc-strategy มาตรฐาน ส่วนของ trifluorobutanoic acid สามารถมีอิทธิพลต่อการกำหนดรูปแบบของเปปไทด์ ความเสถียรทางเมแทบอลิซึม และ lipophilicity ทำให้มีคุณค่าต่อเคมียารักษาในการปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์และการออกแบบโมเลกุลชีวภาพที่ fluorination ช่วยเพิ่มความสัมพันธ์ในการจับ (binding affinity) หรือความต้านทานต่อการย่อยสลาย