Scandium(III) triflate ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาแบบกรดลิวอิสในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยมีประสิทธิภาพสูงในการส่งเสริมปฏิกิริยาการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนและคาร์บอน-อะตอมต่างธาตุ การประยุกต์ใช้หลักอย่างหนึ่งคือในการอะซิเลชันและอัลไคเลชันแบบ Friedel-Crafts ซึ่งให้กิจกรรมการเร่งปฏิกิริยาสูงพร้อมผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมต่ำเมื่อเทียบกับตัวเร่งปฏิกิริยาแหละโลหะฮาไลด์แบบดั้งเดิม นอกจากนี้ยังใช้ในปฏิกิริยา Diels-Alder การควบแน่นอัลโดล และปฏิกิริยา Mukaiyama ซึ่งมักให้ผลผลิตสูงและความเลือกเฉพาะเจาะจง

ข้อได้เปรียบหลักของ scandium(III) triflate คือความเสถียรและการนำกลับมาใช้ใหม่ได้ในสภาวะน้ำและโปรติก ซึ่งไม่ธรรมดาสำหรับกรดลิวอิสหลายชนิด สิ่งนี้ช่วยให้สามารถดำเนินปฏิกิริยาในน้ำหรือระบบตัวทำละลายผสมได้ สนับสนุนแนวปฏิบัติเคมีสีเขียว นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์เปปไทด์และการกระตุ้นสารประกอบคาร์บอนิลสำหรับการเพิ่มนิวคลีโอไฟล์ เนื่องจากมีพิษต่ำและประสิทธิภาพการเร่งปฏิกิริยาแรง จึงเป็นตัวเลือกที่นิยมในทั้งการวิจัยทางวิชาการและกระบวนการอุตสาหกรรมที่เกี่ยวข้องกับการสังเคราะห์สารเคมีละเอียดและเภสัชภัณฑ์