ใช้เป็นตัวสร้างโครงสร้างเชิงซ้าย (chiral building block) ในการสังเคราะห์ยาและสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ หมู่แอลกอฮอล์ที่อิสระและหมู่อะมีนที่ป้องกันด้วย BOC ทำให้เหมาะสำหรับการสังเคราะห์เปปไทด์และการสังเคราะห์แบบไม่สมมาตรที่ต้องการการควบคุมสเตอรีโอเคมีอย่างสำคัญ นิยมใช้ในการพัฒนายับยับโปรติเอส (protease inhibitors) และตัวยารักษาอื่นๆ ที่ต้องการความบริสุทธิ์ทางเอ็นแอนติโอเมอร์สูง การป้องกันอะมีนด้วย BOC ช่วยให้สามารถถอดการป้องกันและจับคู่ได้อย่างเลือกสรรในการทำปฏิกิริยาหลายขั้นตอน เพิ่มประโยชน์ในการใช้ในเคมียารักษาและการค้นพบยาใหม่